Organizační struktura NCTEKK
- Ředitel
- Kancelář ředitele
- Odbor analytiky a informací
- Náměstek ředitele pro terorismus a extrémismu
- Odbor terorismu a extremismu
- Odbor zbraní a nebezpečných materiálů
- Náměstek ředitele pro kybernetickou kriminalitu
- Odbor kybernetické kriminality