Organizační struktura NCTEKK
- Ředitel
- Kancelář ředitele
- Náměstek ředitele pro terorismus a extrémismu.
- Odbor náboženského terorismu a extremismu
- Odbor politického terorismu a extremismu
- Národní kontaktní bod pro terorismus
- Odbor zbraní a nebezpečných materiálů
- Náměstek ředitele pro kybernetickou kriminalitu
- Odbor kybernetické kriminality